中國中醫科學院中藥研究所始建于1955年，是我國成立最早的一所國家級研究中藥的專門機構。自1983年起被確認為世界衛生組織傳統醫學合作中心。

    中藥研究所經過六十余年的科學研究實踐，培養造就了一批從事文獻、中藥資源及品種鑒定、化學、質量標準、炮制、制劑、藥理、毒理和新藥研發等的科技骨干。全所現有職工400余人，設有中藥理論與本草文獻研究中心、生藥研究中心、中藥質量標準研究中心、中藥制劑研究中心、中藥炮制研究中心、中藥藥代動力學研究中心、中藥藥理研究中心、生物力藥理學研究中心、中藥安全評價中心（GLP）、中藥注射劑安全性研究中心、中藥新藥研發中心、中藥生物技術研究中心、中藥數據中心、整合中藥學研究中心、霧化吸入制劑研究中心和中藥質量控制技術國家工程實驗室。中國中醫科學院下屬機構中國中醫科學院青蒿素研究中心，與中藥研究所一體化發展，由中國中醫科學院任命，我所屠呦呦研究員為該中心主任。擁有4個國家中醫藥管理局重點學科，5個國家中醫藥管理局三級中醫藥科研實驗室，1個北京市重點實驗室。主辦國家級學術期刊《中國中藥雜志》、《中國實驗方劑學雜志》及科普期刊《家庭中醫藥》。設有中藥學、中西醫結合基礎碩士研究生、博士研究生培養點及中西醫結合基礎、中藥學博士后流動站。